Song hành với hoạt động sản xuất, Công ty Tuyển than Cửa Ông không ngừng đầu tư, đổi mới công nghệ cho lĩnh vực bảo vệ môi trường. Giai đoạn từ 2007-2010, mỗi năm Công ty chi cho hoạt động này trên 20,3 tỉ đồng.
Bên cạnh đó, Công ty đã nghiên cứu thay hệ thống xử lý bùn nước với 12 bể lắng sang hệ thống phân cấp thủy lực bằng xoáy lốc huyền phù để tuyển than cục, thay hệ thống sàng Ghesa bằng hệ thống sàng rung nhằm tăng tỷ lệ thu hồi cám đá.
Ngoài ra, Công ty tập trung nghiên cứu, áp dụng các biện pháp xử lý ô nhiễm bụi, tiếng ồn, độ rung và nóng bức tại các phân xuởng sản xuất bằng hệ thống phun sương cao áp; dùng trạm bơm cấp nước cho các xe stec tưới nước dập bụi trên các tuyến đường; lắp đặt hệ thống thông gió chống nóng dưới hố nhận than; bảo dưỡng, sửa chữa định kỳ thiết bị để giảm thiểu tiếng ồn và bảo vệ an toàn lao động; xây dựng hệ thống quan trắc thường xuyên để cập nhật số liệu cho công tác đánh giá tác động môi trường.
